Die Geschichte der Denkmalpflege des Kantons Basel-Stadt ist eng verflochten mit derjenigen der Freiwilligen Basler Denkmalpflege, die heute als Verein organisiert ist. Bereits um 1900 hatte sich der Kunsthistoriker Ernst Alfred Stückelberg (1867–1926) erfolglos um die Bildung einer behördlich abgestützten Denkmalpflege bemüht. 1913 dann gründete er zusammen mit Interessensgenossen die Basler Denkmalpflege, eine locker organisierte Vereinigung auf privater Basis, die fortan die Inventarisation und Restaurierung schützenswerter Bauobjekte unterstützte. Ihre Tätigkeit half ganz wesentlich dabei, den denkmalpflegerischen Gedanken ins öffentliche Bewusstsein Basels zu bringen. Ab 1919 wurde die Vereinigung vom Staat unterstützt. Bis 1922 hiess sie Erweiterte Basler Denkmalpflege, seit 1922 trägt sie die Bezeichnung Freiwillige Basler Denkmalpflege, seit Kurzem nennt sie sich Baukult – Freiwillige Basler Denkmalpflege.

Die Gründung der Denkmalpflege als staatliche Organisation fällt genau genommen ins Jahr 1919 mit der Ausschüttung von Subventionen an die private Vereinigung der Freiwilligen Basler Denkmalpflege. Ab 1923 war die Bezeichnung Öffentliche Basler Denkmalpflege in Gebrauch, später dann Basler Denkmalpflege.

Bemerkenswert ist die Tatsache, dass noch bis in die 1960er Jahre der Präsident der Freiwilligen Basler Denkmalpflege gleichzeitig auch Vorsteher der Öffentlichen Basler Denkmalpflege war (Personalunion bei Trennung der Instanzen): So amtierte Ernst Alfred Stückelberg 1913–1926 als Präsident der «Freiwilligen» und war 1919–1926 gleichzeitig erster Denkmalpfleger des Kantons Basel-Stadt. Beide Organisationen nahmen im Übrigen bis in die 1960er Jahre Aufgaben im Bereich der praktischen Denkmalpflege wahr.

Bis zur Regierungs- und Verwaltungsreform 2009 war die Basler Denkmalpflege Teil der Abteilung Kultur des Erziehungsdepartements. Seit dem 1. Januar 2009 gehört sie zur Dienststelle Städtebau & Architektur im Bau- und Verkehrsdepartement BVD des Kantons Basel-Stadt. Die offizielle Bezeichnung lautet heute Kantonale Denkmalpflege Basel-Stadt.

Seit 1929 befinden sich die Büros der Kantonalen Denkmalpflege im Gründungsbau des ehemaligen Dominikanerinnenklosters Klingental – dem Kleinen Klingental – am Kleinbasler Rheinufer. Bis heute leistet die Denkmalpflege einen wichtigen Beitrag zum Erhalt dieses einmaligen historischen Bauwerks. Die Dominikanerinnen erbauten ihr Kloster 1274 und erweiterten es später mehrfach. 1939 wurde das Museum Kleines Klingental (MKK) als «Stadt- und Münstermuseum» eröffnet. Bereits in den 1920er Jahren war es als Teil der Denkmalpflege im Klingental konzipiert worden. Der bauhistorisch und kunstgeschichtlich wichtige Bau kann im Rahmen der Museumsöffnungszeiten besichtigt werden. Das grosse Refektorium, die ehemalige Klosterküche und weitere historische Raumausstattungen geben einen einmaligen Einblick in das Basler Klosterleben des Hoch- und Spätmittelalters. Die Räume können für Veranstaltungen gemietet werden.

Mit der Einführung des Denkmalschutzgesetzes im Jahr 1980 wurde Denkmalpflege als staatliche Aufgabe festgelegt. Das Gesetz definiert, was unter einem Denkmal zu verstehen ist und bildet die Grundlage für Organisation und Kompetenzen des Denkmalrats, der Denkmalpflege sowie der Archäologischen Bodenforschung Basel-Stadt. Es verbindet Denkmalschutzrecht und Planungsrecht und enthält Bestimmungen zum Denkmalverzeichnis und zu rekursberechtigten Organisationen.

Als weitere Organisation, die sich für die Pflege des Basler Stadtbilds, die Erhaltung historisch wertvoller Bauten und gleichzeitig das Entstehen qualitätvoller neuer Architektur einsetzt, ist zudem der Heimatschutz Basel zu nennen. Die als Verein organisierte Institution wurde 1905 gegründet und ist eine Sektion des Schweizer Heimatschutzes.

• Andreas Bischofberger, «Chancen privater Denkmalpflege. Geschichte der Freiwilligen Basler Denkmalpflege», in: Jahresberichte der Freiwilligen Basler Denkmalpflege 1992–1995, Basel 1996
• Uta Feldges, «Die schöne Stadt Basel war unser Ziel». Zur Geschichte des Basler Heimatschutzes 1905–2005, Basel 2005
• Dorothee Huber, «Erwartungen, Erfahrungen, Ernüchterung. 25 Jahre ‹Gesetz über den Denkmalschutz›», in: Jahresberichte der Freiwilligen Basler Denkmalpflege 2004–2007, Basel 2008
• Yvonne Sandoz, Verwaltung, Aufbewahrung und Archivierung von Baudokumentationen: Das Beispiel Basler Denkmalpflege. Masterarbeit MAS-ALIS 2008–2010 (Universitäten Bern und Lausanne), Basel 2010