Zur Unterstützung der Dienstaufsicht über den Kantonalen Nachrichtendienst (KND) können die Kantone ein vom kantonalen Vollzugsorgan getrenntes Kontrollorgan einsetzen, das den vorgesetzten Stellen verantwortlich ist. Im Kanton Basel-Stadt wählt der Regierungsrat zur Wahrnehmung der Dienstaufsicht durch die Vorsteherin oder den Vorsteher des Justiz- und Sicherheitsdepartements auf deren oder dessen Antrag hin ein Kontrollorgan über den Staatsschutz. Es unterstützt die Dienstaufsicht in allen Bereichen, die in der Kompetenz des Kantons liegen und berichtet jedes Jahr an die Vorsteherin oder den Vorsteher des Justiz- und Sicherheitsdepartements, an den Regierungsrat und an den Grossen Rat über seine Tätigkeiten und Feststellungen, soweit es seine Geheimhaltung zulässt.

Die seit 2011 publizierten Tätigkeitsberichte können hier abgerufen werden. 

Das Kontrollorgan über den Staatsschutz setzt sich aus drei Mitgliedern, die für eine Amtsdauer von vier Jahren vom Regierungsrat gewählt sind, zusammen. 

Eine Liste der aktuellen Mitglieder bietet der Staatskalender.