Die Gründung des Botanischen Gartens am Rheinsprung als universitäre Einrichtung geht auf das Jahr 1589 zurück. Basel verfügte damit über einen der ältesten Botanischen Gärten im deutschsprachigen Raum. Der heutige Botanische Garten am Spalentor wurde jedoch erst im Jahr 1898 angelegt. Er gehört zum Botanischen Institut der Universität Basel und wird auch von diesem verwaltet und gepflegt.

Die heutigen Merian Gärten in Brüglingen wurden 1968 von der Universität Basel gegründet. Die Christoph Merian Stiftung stellte das Gelände auf Anfrage eines privaten Vereins zur Verfügung. Dieser hatte befürchtet, dass ein Teil des Botanischen Gartens beim Spalentor durch den Erweiterungsbau der Universitätsbibliothek verloren gehen würde.