Die gesetzliche Grundlage für den Schutz und die nachhaltige Nutzung der Gewässer ist das Eidgenössische Gewässerschutzgesetz.

Im dicht besiedelten Kantonsgebiet stellt die Vereinbarkeit von Gewässerschutz und –nutzung oft eine Herausforderung dar. Viele Interessen müssen berücksichtigt werden, insbesondere Naturschutz, Hochwasserschutz, Erholungsnutzung, Fischerei, Trinkwasserversorgung, Schifffahrt sowie Wasserkraftnutzung.

Zum Schutz und zur Aufwertung der Gewässer sind im Kanton Basel-Stadt unter anderem die Festlegung des Gewässerraums und die Revitalisierung von Bedeutung:

Das Gewässerschutzgesetz verlangt die Festlegung von Gewässerräumen, welche die natürlichen Funktionen des Fliessgewässers, den Hochwasserschutz und die Gewässernutzung gewährleisten sollen. Der Gewässerraum umfasst das Gewässer und seine Uferbereiche und darf nur extensiv gestaltet und bewirtschaftet werden.
Unter Federführung von Städtebau & Architektur wurde ein kantonaler Nutzungsplan Gewässerraum erarbeitet, welcher den Gewässerraum grundeigentümerverbindlich festlegt. Der Nutzungsplan wurde im Mai 2021 öffentlich aufgelegt und zurzeit werden die Rekurse bearbeitet.

Aktuell gilt der Gewässerraum gemäss Übergangsbestimmungen, der im Geoportal des Kantons eingesehen werden kann. Die Nutzungsvorschriften sind im «Merkblatt Gewässerraum nach Übergangsbestimmungen» zusammengefasst.

Die Gewässerschutzverordnung verpflichtet die Kantone, die Revitalisierung von Gewässern zu planen. Die kantonale Revitalisierungsplanung legt die prioritären Massnahmen für einen Zeitraum von 20 Jahren fest und wird alle 12 Jahre überarbeitet. 

Der Schwerpunkt der aktuellen Planung von 2014 liegt auf der Revitalisierung der Wiese und ihrer Nebengewässer in den Langen Erlen. 
Die Revitalisierungsarbeiten der unteren Wiese, zwischen Freiburgersteg und der Wiesemündung wurden im August 2018 nach zweijähriger Projektdauer erfolgreich abgeschlossen. Zudem ist im Rahmen des Projektes WieseVital die Revitalisierung des Wieseabschnitts vom Freiburgersteg stromaufwärts bis zur Landesgrenze geplant.

Das Video gibt einen Einblick in die Revitalisierungserfolge an der Wiese.

Negative Auswirkungen der Wasserkraftnutzung sind unter anderem die Beeinträchtigung der freien Fischwanderung und des Geschiebehaushalts sowie Wasserpegelschwankungen durch schwallartigen Abfluss von Stauwasser (Schwall und Sunk). 

Priorität hat im Kanton Basel-Stadt die Beseitigung von Wanderhindernissen für die Fische. Massnahmen zur Geschiebereaktivierung sind nur im Rhein dringend und liegen in der Verantwortung des Bundes. Schwall-Sunk-Ereignisse stellen bei den Basler Kraftwerken kein Problem dar.