Bereits im Mittelalter finden sich in Basel erste Spuren der Rechtsmedizin. Im Jahr 1449 unterschied die sogenannte Wundschaukommission zwischen leichten und schweren Körperverletzungen. Die Wundbegutachter waren jedoch noch keine Ärzte.

Mit der Zeit übernahm die Stadtärzte, beispielsweise Felix Platter (1571–1614), immer mehr gerichtsmedizinische Aufgaben.

Im 19. Jahrhundert wurde die Rechtspflege reorganisiert und die moderne Gerichtsmedizin eingeführt. Der erste Gerichtsarzt in Basel war Prof. Adolf Streckeisen (1857–1916). 1916 wurde der gerichtsärztliche Dienst gegründet. Dr. med. Salomon Schönberg (1879-1958) arbeitete zunächst unter prekären Bedingungen in verschiedenen Lokalitäten, da kein eigenes Institut zur Verfügung stand.

Ein provisorisches gerichtlich-medizinisches Institut wurde 1925 in der physikalischen Anstalt eingerichtet. Es diente dem Institut 35 Jahre lang als Arbeitsplatz. Nach langer Planungsphase wurde 1960 der Neubau des heutigen Instituts an der Pestalozzistrasse eingeweiht und das toxikologische Laboratorium nahm den Betrieb auf. 10 Jahre später wurde das daraus entstandene Gerichtschemische Laboratorium zur selbstständigen Abteilung des Polizei- und Militärdepartements erhoben.

Nach mehreren Jahren interimistischer Leitung wurde Prof. Dr. med. Volker Dittmann 1997 zum Institutsleiter gewählt. Im gleichen Jahr wechselte das Institut vom Polizei- und Militärdepartement zum Sanitätsdepartement (heute Gesundheitsdepartement). Im Rahmen dieser Umstrukturierung wurde das von Dr. phil. Thomas Briellmann geleitete gerichtschemische Laboratorium wieder ins Institut integriert. Zeitgleich wurde ein DNA-Labor geschaffen, das sich bald zur Abteilung für forensische Genetik entwickelte.

Ab 2004 wurde die Forensische Genetik als erste Abteilung des Instituts nach ISO 17025 akkreditiert, 2006 folgte die Abteilung Forensische Chemie und Toxikologie. Ende 2010 wurde die Forensische Medizin als erste Abteilung eines Schweizer Instituts für Rechtsmedizin nach ISO 17020 als Inspektionsstelle akkreditiert.

Am 1. November 2014 übernahm Prof. Dr. med. Dipl. phys. Eva Scheurer die Leitung des Instituts für Rechtsmedizin nach einer kurzen interimistischen Führung durch Dr. phil. Thomas Briellmann.

• Prof. Adolf Streckeisen (-1916)
• Prof. Salomon Schönberg (1916-1953)
• Prof. Jürg Im Obersteg (1953-1969)
• Prof. Max Lüdin (1970-1983)
• Prof. Richard Dirnhofer (1984-1991)
• Dr. med. Otmar Jakob (1992-1996, a.i.)
• Prof. Volker Dittmann (1997-2014)
• Prof. Eva Scheurer (seit 2014)

Weitere Informationen zur Geschichte der Rechtsmedizin in Basel sind im Staatsarchiv verfügbar.