Unter den schützenswerten Naturobjekten befinden sich auch Amphibienlaichgebiete und Trockenwiesen und –weiden von nationaler Bedeutung. Diese wurden teils bereits im Jahr 1984 durch den Basler-Naturatlas erfasst und im Jahr 2011 durch das Kantonale Inventar der schützenswerten Naturobjekte (Naturinventar Basel-Stadt) ergänzt und aktualisiert. Die Bundesverfassung und die eidgenössische und kantonale Gesetzgebung beauftragen den Kanton, die besonders wertvollen Naturobjekte nachhaltig zu schützen. Die Stadtgärtnerei Basel will deshalb jene Naturobjekte, die für den Erhalt der Biodiversität eine wichtige Rolle spielen, schützen und in das Kantonale Inventar der geschützten Naturobjekte aufnehmen. So wollen wir den Lebensraum für viele seltene und gefährdete Tier- und Pflanzenarten erhalten, um sich auch in Zukunft daran erfreuen zu können.

Das Naturschutzgebiet Rheinhalde ist ein im Osten der Stadt gelegener Uferhang. Es befindet sich auf der orographisch rechten Seite des Rheins. Das Schutzgebiet erstreckt sich von der Landesgrenze bei Grenzach-Whylen in einem schmalen, langgezogenen Streifen an der südlichen Grenze des Quartiers Hirzbrunnen bis hin zur Schwarzwaldbrücke.

Das Gebiet wurde am 12. Februar 1913 aufgrund eines thermophilen Vorkommens – also einer Wärme liebenden Flora und Fauna – unter Schutz gestellt. Es ist somit das älteste amtliche Naturschutzgebiet der Schweiz.

Im Gebiet wurden kurz nach der Unterschutzstellung 485 Pflanzenarten nachgewiesen. Heute sind etwa 180 verschiedene Pflanzenarten kartiert. Weil immer mehr Sträucher und Bäume, darunter auch Neophyten wie der Götterbaum, den Boden verstärkt beschatten, wird den licht- und wärmebedürftigen Arten allmählich die Lebensgrundlage entzogen. Seit einigen Jahren führt die Stadtgärtnerei deshalb Pflegeeinsätze durch, um den Aufwuchs in gewissen Bereichen auszulichten.

Der Magerrasen der Uferböschung des St. Johann-Rheinwegs, vom Rheinbad
St. Johann abwärts bis zur Ueli-Fähre, ist Lebensraum des Erdbockkäfers und weiterer bedrohter Tiere und Pflanzen. Die Fläche ist aufgrund des Vorkommens des Erdbockkäfers von nationaler Bedeutung und wurde 1996 per Regierungsratsbeschluss in das Kantonale Inventar der geschützten Naturobjekte aufgenommen.

Der Erdbockkäfer war in den wärmeren Teilen der Schweizer Alpennordseite einst weit verbreitet. Gegenwärtig sind hierzulande nur noch vier Fundorte bekannt. Ende der achtziger Jahre wurde der Basler Erdbockkäferbestand anlässlich des Baus des St. Johanns-Parks und der Verschönerung des Rheinbords mit massiven Eingriffen in die Uferböschung merklich reduziert.

Die Larve des Käfers ernährt sich bis zu ihrer Verpuppung von den Wurzeln der Aufrechten Trespe, einer Grasart der Magerrasen. Der ausgewachsene Käfer ist nicht flugfähig und kann deshalb nicht weiter entfernte Standorte besiedeln.

Die Pflege der Böschung ist primär auf die Erhaltung der Erdbockkäfer-Population ausgerichtet: Die Aufrechte Trespe wird in ihrem Bestand gefördert, eine stärkere Beschattung und das Aufkommen von Gehölzen in der Böschung hingegen verhindert. Durchgeführt werden die Pflegemassnahmen von der Stadtgärtnerei. Trotz dieser Bemühungen mit einer angepassten Pflege, konnten in den letzten Jahren leider keine Tiere mehr nachgewiesen werden.

Das Gebiet Entenweiher ist ein schützenswerter Lebensraum für zahlreiche seltene, gefährdete und geschützte Tier- und Pflanzenarten, der aufgrund seiner Lebensraum- und Artenvielfalt sowie der zentralen Funktion im Biotopverbund der Wieseebene regionale Bedeutung aufweist. Um dieses Naturobjekt langfristig zu erhalten, hat der Regierungsrat am 20. Juni 2023 beschlossen, es in das Inventar der geschützten Naturobjekte des Kantons Basel-Stadt aufzunehmen.

Das umliegende Gebiet des ehemaligen Eisweihers in Riehen ist der wichtigste Lebensraum für den Laubfrosch und für viele weitere gefährdete Tier- und Pflanzenarten im Kanton Basel-Stadt. Dieser Teil des Landschaftsparks Wiese wird nun unter Schutz gestellt. Der Regierungsrat hat am 5.9.2023 beschlossen, die vielfältigen Weiher und die umliegenden Wiesen und Waldflächen in das Inventar der geschützten Naturobjekte aufzunehmen. So entsteht eines der grössten Naturschutzgebiete im Kanton Basel-Stadt.

Das Wiesental verfügt über eine vielfältige Kulturlandschaft aus artenreichen Wiesen und Obstgärten, Wassergräben sowie Hecken- und Feldgehölzen. Der Landschaftspark Wiese ist nicht nur aus Naturschutzsicht, sondern auch für die Trinkwassergewinnung und die Naherholung von Bedeutung. Mit dem im Jahr 2001 in Kraft gesetzten Landschaftsrichtplan "Landschaftspark Wiese" haben sich Basel, Riehen und Weil am Rhein zum Ziel gesetzt, das Gebiet unter Berücksichtigung von Artenschutz, Landwirtschaft und Erholungsnutzung, etc. grenzüberschreitend und nachhaltig zu entwickeln.