Bei Ausgrabungen kommen Funde aus unterschiedlichen Materialien zum Vorschein. Diese werden gereinigt und bei der Inventarisierung innerhalb eines Fundkomplexes u. a. nach Materialgruppen (Keramik, Stein, Knochen, Metall etc.), Datierungen, formalen Kriterien und Erhaltung sortiert. Jeder Fund erhält im Anschluss eine individuelle Inventarnummer, die Auskunft über seinen exakten Fundort gibt.

Die Unterscheidung der Funde nach Materialgruppen ist wichtig, da jeder Werkstoff anders behandelt werden muss. Objekte aus Keramik, Stein und Knochen sind relativ robust, sodass die Inventarnummer mit Tusche und Feder oder mit dem Tintenstrahldrucker direkt auf den Gegenstand geschrieben werden kann. Funde aus Metall, Glas oder organischem Material sind nach ihrer Bergung sehr fragil und werden zuvor dem Konservierungslabor zur weiteren Bearbeitung übergeben. Zudem erfordert jedes Material spezifische Lagerungsbedingungen, die in den Sammlungsdepots beachtet werden müssen.

Alle wissenschaftlichen Grunddaten werden in einer Inventardatenbank erfasst. Anschliessend werden die Funde sorgfältig in Kisten verpackt und Angaben zu den Ablagekisten erfasst, die dann in die Sammlungsdepots gebracht werden. Nun sind die Objekte bereit für wissenschaftliche Auswertungen und Ausstellungen.

Die Konservierung von Funden, die bei Ausgrabungen geborgen werden, ist ein wesentlicher Aspekt der Archäologie. Frisch ausgegrabene Funde, speziell solche aus Metall, Glas und Textil, sind meist schlecht erhalten und sehr fragil. Vor allem organische Stoffe wie Holz, Horn, Haare und Fell, Pflanzenfasern oder Leder, die sich nur in bestimmten Bodenmilieus erhalten, bedürfen oft sofortiger Konservierungsmassnahmen, um sie zu sichern. Oftmals sind die Objekte auch schwer zu bestimmen, da ihre Oberflächen von Erdkrusten und Korrosionsprodukten bedeckt sind. Zu den Aufgaben der Konservator:innen und Konservatoren gehört es deshalb, die weitere Zerstörung der Funde z. B. durch chemische Zersetzungsprozesse zu verhindern und möglichst viele Informationen über die Art der Objekte herauszufinden.

Diese gut ausgebildeten Spezialistinnen und Spezialisten arbeiten meistens in ihrem Atelier oder Labor. Mit Hilfe von Röntgen- oder Computertomographie-Aufnahmen und dem Mikroskop erstellen sie dort einen detaillierten Zustandsbericht zu den einzelnen Funden und entwickeln Konzepte für deren Reinigung und Behandlung. Mit diversen Chemikalien und Werkzeugen führen sie die Behandlung aus.

Die Arbeit im Labor stellt jedoch nur einen Teilbereich dar: Konservator:innen helfen auch, besonders empfindliche oder bedeutsame Funde auf Ausgrabungen zu bergen (z. B. bei Blockbergungen). Zudem überwachen und betreuen sie die Objekte in den Sammlungsdepots aus konservatorischer Sicht.

Die Archäologische Bodenforschung wertet selbst und in Kooperation mit Universitäten und anderen Forschungseinrichtungen archäologische Untersuchungen im Kanton Basel-Stadt wissenschaftlich aus.

Der Jahresbericht liefert einen Überblick aller laufenden Grabungen und zu ausgewählten wissenschaftlichen Auswertungen. In der Reihe der Materialhefte und in externen wissenschaftlichen Publikationen werden Auswertungen von einzelnen Funden oder von ganzen Fundstellen aus dem Kanton Basel-Stadt vorgelegt, die der weiteren Forschung aller kulturgeschichtlichen Disziplinen als Grundlage dienen.