Die Margarethenverbindung verbindet die Haltestellen Margarethen und Binningen, Dorenbach via Margarethenstich. Sie ist rund 300 Meter lang.

Direkte Anbindung des Leimentals an den Bahnhof SBB 

Mit der neuen Tramstrecke wird das Leimental direkter an den Bahnhof Basel SBB und das Arbeitsplatzgebiet rund um die Roche und den Badischen Bahnhof angebunden. Die Tramlinie 17 wird ab der Haltestelle Zoo Dorenbach über den Margarethenstich zum Bahnhof Basel SBB und weiter via Wettsteinbrücke zum Badischen Bahnhof verkehren. 

Dank der Margarethenverbindung und weiteren Massnahmen erhält das Leimental, das weder ans S-Bahn-Netz angeschlossen ist noch über eine direkte Zufahrt zur Autobahn verfügt, zeitnah ein S-Tram, also eine «Quasi-S-Bahn»: Eine schnelle und zuverlässige Tramverbindung zum Bahnnetz. 

Entlastung Innenstadt und Begrünung Heuwaage

Die Margarethenverbindung und die damit verbundene neue Linienführung der Linie 17 entlastet die Basler Innenstadt von einer Tramlinie. Darüber hinaus wird die heutige Tramwendeschlaufe an der Heuwaage dank der Margarethenverbindung nicht mehr benötigt. Damit steht der grösste Teil des Platzes künftig für eine «Grüne Heuwaage» zur Verfügung. Grosse Teile der Fläche könnten entsiegelt und begrünt werden. Der Kanton Basel-Stadt erarbeitet derzeit einen entsprechenden Ratschlag zur Erneuerung der Heuwaage.

Entlastung Centralbahnplatz und Gundeli-West

Indem das S-Tram 17 direkt zum neuen Perronzugang auf der Margarethenbrücke fährt, wird der Centralbahnplatz deutlich entlastet. Künftig dürfte rund die Hälfte der Fahrgäste den Bahnhof Basel SBB über die Margarethenbrücke beziehungsweise den Markthallenplatz betreten oder verlassen. Dank der schnelleren Verbindung aus dem Leimental an den Bahnhof Basel SBB werden voraussichtlich rund 1'000 Personen pro Tag vom Auto auf das Tram wechseln. Dies entlastet auch das Gundeli-West vom Autoverkehr.

Für die Tramverbindung über den Margarethenstich liegt ein rechtskräftiges Bauprojekt vor. Nach Abzug der vom Bund bereits zugesicherten finanziellen Unterstützung betragen die Kosten für den Bau der Margarethenverbindung für die beiden Basel noch 9 Millionen Franken.

Die Regierungen beider Basel haben sich darauf geeinigt, dass nebst dem Bund gemäss Territorialprinzip der Kanton Basel-Stadt den Grossteil der Kosten tragen soll.