Das Generalsekretariat stellt die Geschäftsabwicklung des Departements mit dem Regierungsrat, dem Grossen Rat und seinen Kommissionen, den weiteren kantonalen Verwaltungsstellen und mit Dritten sicher.

Departementsintern sorgt das Generalsekretariat für koordinierte und zielgerichtete Abläufe. Mit den zentralen Stabsdienstleistungen in den Bereichen HR & Services, Recht und Geschäftsvorbereitung & Projekte unterstützt es die Dienststellen des Departements.

Leitung Generalsekretariat: Dorothee Frei Hasler
Leitung HR & Services: Peter Zeller
Leitung Rechtsdienst GD BS: Ramon Inglese

Die Stabsstelle Gesundheitsbeteiligungen und Finanzen erbringt zentrale Dienstleistungen für den Departementsstab und die Dienststellen in den Bereichen Finanzen und Controlling, Informatik und Records Management sowie Baukoordination. 

Im Rahmen des Beteiligungsmanagements vertritt sie die Eigentümerinteressen gegenüber den verselbstständigten öffentlichen Spitälern des Kantons: Universitätsspital Basel (USB), Universitäre Altersmedizin Felix Platter (UAFP, vormals Felix Platter-Spital), Universitäre Psychiatrische Kliniken Basel (UPK), Universitäts-Kinderspital beider Basel (UKBB) sowie Universitäres Zentrum für Zahnmedizin Basel (UZB). Sie nimmt die Aufgaben der gesetzlichen Aufsicht und gemäss den Public Corporate Governance-Richtlinien und das entsprechende Beteiligungscontrolling wahr. 

Leitung Gesundheitsbeteiligungen und Finanzen: Armin Ming

Die Stabsstelle Kommunikation nimmt die kommunikative Begleitung der Departementsgeschäfte wahr und vertritt das Departement in den Medien.

Leitung Kommunikation und Mediensprecherin des Gesundheitsdepartementes: 
Anne Tschudin

Die Planungskoordination koordiniert die Zusammenarbeit mit den anderen Departementen. 

Sie ist zudem verantwortlich für die Konkretisierung und Umsetzung der kantonalen Alterspolitik «Vision Gut und gemeinsam älter werden im Kanton Basel-Stadt». 

Leitung Planungskoordination: Stephan Gassmann
Koordinator Alterspolitik: Patrick Stirnimann