Die Justizvollzugsanstalt Bostadel wird von den Kantonen Basel-​Stadt und Zug betrieben und gehört zum Strafvollzugskonkordat der Nordwest-​ und Innerschweiz. Dort sind die Kantone Basel-​Stadt, Basel-​Land, Solothurn, Aargau, Bern, Luzern, Zug, Uri, Schwyz, Nidwalden und Obwalden zusammengeschlossen. In der Justizvollzugsanstalt Bostadel arbeiten 83 Mitarbeitende. Dazu kommen nebenamtliche Mitarbeitende, namentlich in den Bereichen Gesundheitsdienst, Weiterbildung und Seelsorge.  

Die Justizvollzugsanstalt Bostadel betreibt eine Abteilung für den geschlossenen Normalvollzug im Grosskollektiv mit 108 Plätzen und zwei Abteilungen in der Sicherheitsabteilung mit 7 Plätzen im Gruppenvollzug und 5 Plätzen im Einzelvollzug. Das allgemeine Vollzugsziel ist die Förderung des sozialen Verhaltens des Straftäters, insbesondere die Fähigkeit, straffrei zu leben.