Das Generalsekretariat (GS) stellt die Geschäftsabwicklung des BVD mit dem Grossen Rat, dem Regierungsrat und den übrigen Departementen und Gemeinden sicher, unterstützt die Vorsteherin in der Führung und leitet die zentralen Dienste. Das GS führt zudem das übergeordnete strategische und operative Management des Departements. Leiterin des Generalsekretariats ist Caroline Barthe.

Die Abteilung Finanzen und Controlling (F&C) ist für alle Finanzprozesse innerhalb des Bau- und Verkehrsdepartements verantwortlich. Die Abteilung ist zuständig für das operative Finanztagesgeschäft aller Dienststellen sowie für die Querschnittsfunktionen Budgetplanung, Hochrechnungen, Jahresabschlüsse und die Einhaltung der Rechnungslegung. 

Die Abteilung Human Resources ist für alle personalrelevanten Belange des Bau- und Verkehrsdepartements zuständig. Die HR-Mitarbeitenden beraten, betreuen und begleiten sowohl Vorgesetzte als auch Mitarbeitende von der Rekrutierung und vom Eintritt über die gesamte Anstellungsdauer bis zum Austritt. Die Abteilung HR ist ausserdem zuständig für das Lohnwesen, die Berufsbildung, die internen Weiterbildungen sowie das Betriebliche Gesundheitsmanagement.

Die Kommunikationsabteilung sorgt dafür, dass die Öffentlichkeit jederzeit transparent und verständlich über die Projekte des Departements informiert ist. Gerne beantwortet die Medienstelle die Fragen der Journalistinnen und Journalisten.

Die Politikvorbereitung (PV) unterstützt die Dienststellen des BVD bei Regierungs-, Grossrats- und sonstigen Geschäften sowie bei der Erarbeitung der entsprechenden Berichte und Antwortvorlagen zuhanden der Departementsleitung. Zudem hat die PV eine Drehscheiben- und Koordinationsfunktion in den Bereichen der allgemeinen Administration und Organisation sowie der Zusammenarbeit mit anderen Dienststellen, Departementen und Dritten.

Der Bereich Recht und Beschaffungen setzt sich zusammen aus der Rechtsabteilung (RA) und der Kantonalen Fachstelle für öffentliche Beschaffungen (KFöB), zu der auch die Kantonale Koordinationsstelle für kantonale Beschaffungen (KSkB) gehört. Die RA berät das Departement in allen rechtlichen Belangen, begleitet Rechtsetzungsprojekte und unterstützt die Bearbeitung politischer Vorstösse. Die KFöB stellt den rechtskonformen und reibungslosen Ablauf öffentlicher Beschaffungen sicher.

Die Abteilung Stab & Projekte unterstützt die Departementsleitung bei organisatorischen, operativen und strategischen Aufgaben und Projekten. Sie kümmert sich um das Prozess- und Records Management, stellt die Klimakoordination und die interne Kommunikation sicher und ist für das Beteiligungsmanagement der Basler Verkehrs-Betriebe (BVB) zuständig.