Die Freizeitgärten werden von der Abteilung Freizeitgärten und Gartenberatung der Stadtgärtnerei verwaltet und instandgehalten. In ihren Vereinen engagieren sich derzeit ca. 200 ehrenamtliche Pächterinnen und Pächter. 

Seit 2018 gehört die strategische Entwicklung der Freizeitgartenareale zu den Aufgaben der Stadtgärtnerei. Der Gesetzesauftrag und die Freizeitgartenstrategie setzen dabei die Leitlinien.

Gemeinsam mit dem Zentralverband der Basler Familiengärtnervereine organisiert die Stadtgärtnerei Gartenschätzungen bei jedem Pächterwechsel. Diese garantieren, dass der Garten bei der Übergabe an eine neue Pächterin oder einen neuen Pächter in einem Zustand ist, der der Gartenordnung entspricht. 

Die Stadtgärtnerei setzt sich gemeinsam mit anderen Ämtern und externen Partnerinnen und Partnern für den Erhalt der Freizeitgärten und die Interessen der Pächterinnen und Pächter ein. Sie ist die Vollzugsbehörde für die Beschlüsse der Freizeitgartenkommission.