Nach der Analyse von Mundschleimhautproben werden DNA-Profile von erkennungsdienstlich behandelten Personen oder verurteilten Straftäterinnen und Straftätern in der nationalen DNA-Datenbank EDNAIS gespeichert. Die Profile werden regelmässig mit bestehenden Spuren- und Personenprofilen abgeglichen, um etwaige Übereinstimmungen zu finden. Dank internationaler Abkommen erfolgen auch ein Austausch und ein Abgleich von DNA-Profilen über die nationalen Grenzen hinweg. Das macht die Strafverfolgung effizienter und effektiver. 

Mit dem Programm «Prüm Plus» erfolgt die Vernetzung demnächst auch für die Schweiz automatisiert. Die forensische DNA-Analyse unterstützt so die Justiz- und Strafverfolgungsbehörden beim Überführen von straffälligen Personen und beim Sichtbarmachen von Strafserien.

Ein klassisches DNA-Profil besteht aus 16 DNA-Systemen (Loci), welche in der Schweiz standardmässig untersucht und auch international verglichen werden. Eine Zahlen-Buchstaben-Kombination fasst jedes DNA-Profils zusammen. Das macht einen automatisierten Abgleich durch die DNA-Datenbank möglich. 

Um eine qualitative Analyse zu gewährleisten, untersucht man jede Personenprobe doppelt. Das bedeutet, dass 2 DNA-Extraktionen angefertigt werden, aus denen jeweils 1 DNA-Profil erstellt wird. Die beiden DNA-Profile können dann gegeneinander auf Übereinstimmung abgeglichen werden, bevor sie an die nationale DNA-Datenbank EDNAIS übermittelt werden.

Neben erkennungsdienstlich behandelten Personen können auch tatortberechtigte Vergleichspersonen mit Spuren-Profilen abgeglichen werden. Hierdurch wird verhindert, dass ein Übermitteln der DNA-Profile von Berechtigten, zum Beispiel den Geschädigten, an die DNA-Datenbank erfolgt.