Basel ist Sitz der ältesten Universität der Schweiz. Die 1460 gegründete Universität Basel ist eine Volluniversität mit sieben Fakultäten. Als klassische Volluniversität führt sie ein breites Angebot an Studienfächern und Studiengängen – von A wie Altertumswissenschaften bis Z wie Zahnmedizin. Seit 1996 geniesst sie den Status einer selbstverwalteten Universität. Seit 2007 wird sie gemeinsam von den Kantonen Basel-Stadt und Basel-Landschaft getragen.

Neben den bikantonalen Globalbeiträgen leistet der Kanton Basel-Stadt mit gesonderten Leistungsvereinbarungen zusätzliche Beiträge für die Erfüllung öffentlicher Aufgaben: für kantonsbibliothekarische Aufgaben, für die kantonale Studienberatung und für den Erhalt des Universitätsguts im Besitz des Kantons.

Die Fachhochschule Nordwestschweiz (FHNW) gliedert sich in neun Fachbereiche in den dafür zuständigen Hochschulen. Die Angebote der FHNW sind auf die vier Trägerkantone verteilt mit Standorten in Basel, Brugg-Windisch, Muttenz, Olten und Solothurn.

Die FHNW basiert auf dem Staatsvertrag der Kantone Aargau, Basel-Landschaft, Basel-Stadt und Solothurn aus dem Jahr 2004. Alle unter ihrem Dach zusammengeführten Hochschulen erfüllen den gesetzlichen Auftrag des Bundes und den daraus abgeleiteten Leistungsauftrag der Trägerkantone: Ausbildung, anwendungsorientierte Forschung und Entwicklung, Weiterbildungen und Dienstleistungen zugunsten Dritter.

Das Schweizerische Tropen- und Public Health-Institut (Swiss TPH) ist ein weltweit renommiertes Institut mit Fokus auf Infektionskrankheiten und nicht übertragbare Krankheiten, Umwelt, Gesellschaft und Gesundheit sowie Gesundheitssysteme und -programme.

Das Swiss TPH, das 1943 unter dem Namen «Schweizerisches Tropeninstitut» gegründet wurde, ist eine öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit und wird vom Kanton Basel-Stadt gemeinsam mit dem Kanton Basel-Landschaft getragen. Als Forschungseinrichtung von nationaler Bedeutung wird das Swiss TPH zudem auch vom Bund auf der Grundlage des Forschungs- und Innovationsförderungsgesetzes (FIFG) finanziell unterstützt. 

Seit über 150 Jahren ist die Musik-Akademie Basel ein führendes Kompetenzzentrum für musikalische Bildung auf allen Stufen. Die Anfänge der Institution gehen zurück auf die Gründung der Allgemeinen Musikschule Basel 1867 durch die GGG. 1905 kam das Konservatorium dazu. Paul Sacher gründete 1933 die Schola Cantorum Basiliensis, zunächst als privates Institut für Lehre und Forschung im Bereich der Alten Musik. 1954 wurden die Schola Cantorum Basiliensis, das Konservatorium und die Allgemeine Musikschule in die neu gegründete Musik-Akademie Basel integriert. Seit 2008 ist der Hochschulbereich der Musik-Akademie Basel Teil der Fachhochschule Nordwestschweiz. 

Die MAB ist als privatrechtliche Stiftung der Gesellschaft für das Gute und Gemeinnützige (GGG) organisiert. Der Kanton Basel-Stadt und die Gemeinde Riehen subventionieren die Allgemeinen Schulen der Musik-Akademie Basel, einschliesslich der Musikschule Riehen.

Der gesamte Hochschulbereich wird seit dessen Eingliederung in die Fachhochschule Nordwestschweiz FHNW von den vier Trägerkantonen Aargau, Basel-Landschaft, Basel-Stadt und Solothurn finanziert.

Verwurzelt in der Universität Basel, fördert die Volkshochschule beider Basel (VHSBB) seit 1919 die allgemeine und kulturelle Bildung sowie den Dialog zwischen Wissenschaft und Gesellschaft. Bis 1988 wurde sie als Abteilung der Universität geführt. 1980 wurde die kurz zuvor ins Leben gerufene SeniorenUni mit der Volkshochschule zum «Zentrum für Erwachsenenbildung» der Universität vereint. 

Die VHSBB ist eine heute eine öffentliche, gemeinnützige Stiftung der Kantone Basel-Stadt und Basel-Landschaft.