Die städtebauliche Entwicklung am Klybeckquai und am Westquai setzt die Verlegung der heutigen Hafenbahn am Altrheinweg voraus. In Zusammenarbeit mit dem Bundesamt für Verkehr und den Schweizerischen Rheinhäfen hat der Kanton Basel-Stadt verschiedene Varianten für die Verlagerung des Hafenbahnhofs ins zukünftige Hafenkerngebiet Kleinhüningen geprüft und die Bestvariante «Südquai» evaluiert. Sämtliche Gleisanlagen der Hafenbahn südlich der Wiese sollen durch die Verlagerung aufgehoben werden. 

Mit der Variante «Südquai» erhält der Hafen eine zeitgemässe Bahninfrastruktur für die kommenden Jahrzehnte, die ein Miteinander von Stadt und Hafen ermöglicht. Die neue Anlage wird über eine vergleichbare Leistungsfähigkeit wie die bestehende Anlage verfügen, benötigt jedoch weniger Fläche und markant weniger Gleisinfrastrukturen.