Das operative Tagesgeschäft des Kantonalen Bedrohungsmanagements wird von der Abteilung Bedrohungsmanagement des Justiz- und Sicherheitsdepartements des Kantons Basel-Stadt durchgeführt. 

Die Abteilung Gewaltschutz und Opferhilfe im Generalsekretariat des Justiz- und Sicherheitsdepartements ist zuständig für die Qualitätssicherung.

Die Abteilung Bedrohungsmanagement ist in ein breites Netzwerk aus geschulten Ansprechpersonen aus der gesamten Verwaltung sowie weiteren Institutionen eingebettet. Diese Ansprechpersonen erkennen bedrohliche Situationen und melden sie der Abteilung Bedrohungsmanagement.

Wird ein Fall eröffnet, werden für die Fallkonferenzen sodann die beteiligten Stellen, Organisationen und/oder Institutionen eingeladen, um gemeinsam die Situation zu analysieren und das weitere Vorgehen festzulegen. 

Während die Fallkonferenzen dem fachlichen Austausch auf operativer Ebene dienen, spielt die regierungsrätliche Kommission Gewaltschutz (KoGes) eine tragende Rolle in der Qualitätssicherung sowie der strategischen Steuerung des kantonalen Bedrohungsmanagements.