Die baulichen und betrieblichen Bedingungen, unter welchen das Naturhistorische Museum im 1848 von Melchior Berri erbauten ersten Basler Museumsgebäude und den umliegenden Altstadtliegenschaften seinen kulturpolitischen Auftrag erfüllen muss, sind seit Jahren prekär. Die seit 2010 durchgeführten dringlichsten Sanierungsmassnahmen haben zu einem dauerhaften Verlust von Ausstellungsflächen geführt. Wegen der unumgänglichen Gesamtsanierung müsste das Museum während drei bis fünf Jahren den öffentlichen Betrieb einstellen und die Sammlungen in Provisorien deponieren, sollte das Museum keinen Neubau beziehen können.

Die Räume des 1899 errichteten Hauptgebäudes des Staatsarchivs an der Martinsgasse sind dysfunktional geworden. Trotz vier externer Magazinprovisorien wird die Magazinkapazität auf Ende 2023 hin vollständig ausgeschöpft sein. Die Magazinräumlichkeiten sind ungenügend klimatisiert, dadurch droht dem Archivgut unwiderruflicher Zerfall. Die Bewirtschaftung der unzusammenhängenden Magazine, fehlende Arbeitsflächen und die Überlagerung von Arbeitsbereichen sind unwirtschaftlich und gehen zu Lasten von Effizienz und Dienstleistungsqualität.

Für das Naturhistorische Museum Basel sowie für das Staatsarchiv Basel-Stadt wurden jeweils verschiedene Entwicklungsszenarien in den bestehenden Liegenschaften geprüft. Die Abklärungen kamen zu einem eindeutigen Ergebnis. Für beide Institutionen ist ein Ein-Standort-Betrieb in einem Neubau der Fortführung des Betriebs an mehreren Standorten klar vorzuziehen – sowohl aus kulturpolitischen als auch organisatorischen und finanziellen Gründen. Der Regierungsrat fällte 2010 für das Staatsarchiv Basel-Stadt und 2012 für das Naturhistorische Museum Basel den Standortentscheid zugunsten eines Areals in der Nähe des Bahnhofs St. Johann, welches beiden Institutionen Entwicklungsmöglichkeiten bietet. Im Juni 2013 bewilligte  der Grosse Rat die finanziellen Mittel für die Projektierung des gemeinsamen Neubaus. Mit dem Bau eines öffentlichen Kulturgebäudes von überregionaler Ausstrahlungskraft an diesem Standort wird die Chance ergriffen, die Entwicklung des aufstrebenden Stadtquartiers weiter positiv zu beeinflussen.

Mit dem Neubauprojekt sollen sich beide Institutionen zeitgemäss und zukunftsorientiert ausrichten können – sowohl strukturell und technologisch als auch hinsichtlich der Vermittlungskonzepte. Das Naturhistorische Museum Basel wird im Neubau noch stärker als publikumsfreundliche, nutzerorientierte und bis hinein in den Sammlungsbereich öffentliche Institution erlebbar sein. Neben den Dauer- und Sonderausstellungen leistet dafür die Präsentation von Teilen der naturwissenschaftlichen Sammlungen künftig einen wesentlichen Beitrag. Für die Besuchenden wird das Museum dadurch als offener Wissensspeicher zugänglich. Der Neubau bietet dem Staatsarchiv genügend Magazinraum für eine zentrale und geschützte Aufbewahrung aller Archivalien und Raumreserven für rund 30 Jahre ab Bezug. Die betrieblichen Arbeitsabläufe können im Neubau zweckmässig wahrgenommen werden. Den Benutzenden stehen angepasste Arbeitsräume und Informationsangebote im analogen wie digitalen Format zur Verfügung.

Gemeinsam werden künftig diverse öffentliche und interne Flächen genutzt. Die grosszügige Eingangshalle lädt die Besucherinnen und Besucher ein, im Museumscafé, in der Lounge oder im Picknickbereich zu verweilen. Auditorium, Veranstaltungsräume, Sitzungszimmer, Werkstätten und Infrastrukturbereiche für Anlieferung und Reinigung werden zum Teil gemeinsam betrieben, zum Teil gegenseitig mitgenutzt.

Im Gesamten beantragt der Regierungsrat für die Realisierung des Neubaus eine Summe von rund 214 Mio. Franken. Diese beinhaltet die Investitionskosten für Gebäude, Betriebseinrichtung und Umzüge von 195,4 Mio. Franken, Reserven für Unvorhergesehenes, befristete Personalkosten der beiden Nutzerinstitutionen für die Projektbegleitung sowie die Folgekosten für Betrieb und Instandhaltung im ersten Betriebsjahr.

Die Realisierung ist für 2020-2023 geplant. Nach einer einjährigen Umzugs- und Einrichtungsphase für das Staatsarchiv bzw. einer zweijährigen für das Naturhistorische Museum Basel wird das neue öffentliche Kulturgebäude ab 2024/25 neue Impulse im aufstrebenden Stadtquartier St. Johann setzen.