Das Kanalisationssystem der Stadt Basel hat sich historisch als Mischsystem entwickelt. Dabei wird im Gegensatz zum Trennsystem sowohl häusliches Abwasser als auch Niederschlagswasser im selben Kanal abgeleitet. Beide Systeme haben Vor- und Nachteile, wobei sich bei den vorhandenen kapitalintensiven Abwasseranlagen ein Systemwechsel in der Regel weder aus Sicht des Umweltschutzes noch wirtschaftlich lohnt.

Ein erheblicher Nachteil des Mischsystems ist, dass im Fall von sehr starken Niederschlägen die Kapazität der Kanalisation und der Abwasserreinigungsanlage nicht ausreichen, um die gesamte anfallende Wassermenge der Abwasserreinigungsanlage zuzuführen. In diesen pro Jahr selten auftretenden Fällen muss stark verdünntes Mischwasser, welches sich aus Schmutzwasser und Niederschlagswasser zusammensetzt, aus dem Kanalisationsnetz direkt in ein Gewässer abgeleitet werden.

Derartige Ableitungsbauwerke, sogenannte Regenentlastungen, befinden sich auch auf baselstädtischer Seite entlang der Birs. Im Zuge einer Neuberechnung der Leistungsfähigkeit des Kanalisationsnetzes im Jahr 1999 für das Gebiet Grossbasel-Ost hat das Amt für Umwelt und Energie festgestellt, dass die Regenentlastungen entlang der Birs zu häufig Mischwasser entlasten. Um diesem Problem abzuhelfen, wurde im April 2001 mit dem Bau eines Regenrückhaltebeckens im Bereich der Einmündung des Muttenzerweges in die Birsstrasse begonnen, welches nun in Betrieb genommen werden kann. Mit dem neuen Becken können 1'100 m3 Mischwasser während einem Starkniederschlag zwischengespeichert und später auf der Abwasserreinigungsanlage geklärt werden. In Kürze wird auch der bestehende Grosskanal in der St. Jakobsstrasse mit einer Steuereinrichtung ausgestattet. Diese erlaubt unter Ausnutzung des vorhandenen Kanalvolumens dann ausserdem die Speicherung von rund 3'000 m3 Mischwasser, welches anschliessend auch zur Abwasserreinigungsanlage abgeleitet werden kann. Durch die beiden Massnahmen kann die jährliche Dauer der Mischwassereinleitung seitens des Kantons Basel-Stadt auf ca. 12 Stunden reduziert und rund 72'000 m3 Mischwasser von der Birs ferngehalten werden. Mit diesen Verbesserungsmassnahmen werden damit lediglich noch rund 0.01% der Gesamtfracht in die Birs entlastet.

Obwohl die Birs bereits oberhalb des Kantons Basel-Stadt belastet ist, verspricht sich das Amt für Umwelt und Energie mit den Rückhaltemassnahmen auf baselstädtischer Seite, dem vom Kanton Basel-Landschaft geplanten Ableitungskanal von der ARA Birs 2 zum Rhein sowie den vorgesehenen Renaturierungsmassnahmen eine deutliche Verbesserung der Gewässerqualität im untersten Abschnitt der Birs. Die Kosten für die Rückhaltemassnahmen belaufen sich auf rund 3.3 Millionen Franken.

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