Für Basel sind umsteigefreie Zugsverbindungen nach den österreichischen Zentren wie Innsbruck und Salzburg sowie den touristischen Regionen sehr wichtig. Ab kommendem Fahrplan soll aber der letzte Zug von Basel nach Wien («Transalpin») in Zürich beginnen und enden. Grund dafür ist das neue Fernverkehrskonzept zwischen der Schweiz und Österreich mit Hochleistungszügen (RailJet, RJ). Auch der «Transalpin» soll ab Juni 2010 als RJ verkehren und dabei Zürich eine Stunde früher als heute verlassen. Würde dieser Zug bis Basel verlängert und in den nationalen Taktfahrplan integriert, müsste er hier um 7:30 Uhr abfahren (anstelle des heutigen IC nach Chur). Allerdings dürfte es zur Hauptverkehrszeit an genügend Sitzplätzen fehlen. Das Bau- und Verkehrsdepartement Basel-Stadt (BVD) schlägt daher vor, den gewünschten RJ zwischen Basel und Zürich als zusätzlichen Zug ausserhalb des Taktfahrplans verkehren zu lassen.

Auf der Verbindung Basel – Mailand bemängelt das BVD die heute unbefriedigende Anzahl an Direktverbindungen. Es erwartet von der SBB, dass sie alles unternimmt, damit das ursprünglich bereits für 2008 vorgesehen Angebot «Cisalpino 2» mit mindestens sechs Direktverbindungen nach Italien via Lötschberg (heute nur zwei) und neuem Rollmaterial so bald wie möglich eingeführt wird.

Zusätzlich spricht sich das BVD für die Beibehaltung der Spätverbindung Basel (ab 0:17 Uhr) – Olten aus. Dieser Zug wartet in Basel noch die letzten Fernzüge aus Deutschland und Frankreich ab und ermöglicht um 0:30 Uhr in Liestal Anschlüsse auf regionale Buslinien. Die SBB prüft aus Wirtschaftlichkeitsgründen die Streichung dieses Zuges.