Die Markthallenbrücke wurde im Zuge der Erstellung des City-Rings in zwei Etappen errichtet. Das Brückenbauwerk, die Verbindung Elisabethenstrasse - Viaduktstrasse, ist 1970 erstellt worden. Die Anschlussbrücke Nauenstrasse wurde 1974 erbaut und dient dem motorisierten Individualverkehr als Abzweigung Richtung Centralbahnplatz. Bei den Bauwerken handelt es sich um Stahlbetonkonstruktionen. Damit eine Restnutzungsdauer von 70 Jahren gewährleistet werden kann, ist eine massvolle Instandsetzung der Bauwerke dringend notwendig. Die Instandsetzungsarbeiten kosten rund 2,5 Mio. Franken und werden von März bis Dezeber 2010 ausgeführt. Möglicherweise sind im Frühjahr 2011 noch Fertigstellungsarbeiten notwendig. In den nächsten zwanzig bis dreissig Jahren sollten dann keine Instandsetzungsarbeiten an der Tragkonstruktion mehr notwendig sein.

Zur Verbesserung der heute unbefriedigenden Führung der Velofahrer auf der Markthallenbrücke, im Zulauf zum Knoten Viaduktstrasse, werden die Stützmauer im Bereich Steinentorberg angepasst und die Fahrbahn der Brücke verbreitert. Dadurch wird Platz für einen auf der Brücke durchgehenden Velosteifen von der Elisabethenstrasse bis zur Viaduktstrasse geschaffen. Die rund 0,5 Mio. Franken kostende Velomassnahme wird gleichzeitig mit der Brückeninstandsetzung ausgeführt.

Die Verbindung zwischen Elisabethenstrasse und Viaduktstrasse wird während der Bauzeit für den Verkehr nicht gesperrt; dies wäre aufgrund des sehr hohen Verkehrsaufkommens auch nicht machbar. Die Instandsetzung wird vielmehr spurweise vorgenommen, wobei mit der Spur auf der Seite Heuwaage begonnen wird. Die Arbeitsweise in mehreren Bauphasen ermöglicht es, eine kombinierte Fahrspur für den motorisierten Verkehr und den Veloverkehr in jede Fahrtrichtung aufrecht zu erhalten. Die Fussgängerbeziehung auf der Brücke bleibt zwischen der Elisabethenstrasse und der Treppe zum Steinentorberg bestehen. Zwischen Viaduktstrasse und Treppenturm werden die Fussgänger über den Steinentorberg umgeleitet. Für die Instandsetzung des Bereichs der Anschlussbrücke Nauenstrasse ist eine Sperrung der Abzweigung Richtung Centralbahnplatz erforderlich. Für die Dauer dieser Arbeiten wird der Verkehr von der Viaduktstrasse in Richtung Nauenstrasse über die Elisabethenanlage umgeleitet. Es werden in Absprache mit der Kantonspolizei temporäre Verkehrswachen eingesetzt.

Die gesammelten Erfahrungen bei der Instandsetzung anderer Bauwerke wie zum Beispiel der Johanniterbrücke, der Luzernerringbrücke oder der Schwarzwaldbrücke zeigen, dass der optimale Zeitpunkt eines Belags- und Abdichtungsersatzes nicht verpasst werden sollte. Denn die Kosten für eine Instandsetzung sind dann am günstigsten, wenn nur die Abdichtung und der Belag zu ersetzen sind und nicht bereits tiefergehende Arbeiten wie Armierungs- oder Vorspannkabelersatz neben der Betonsanierung vorzunehmen sind.

Der Belag im Bereich der Markthallenbrücke und der Anschlussbrücke Nauenstrasse ist wie die beiden Bauwerke über 35 Jahre alt. Die Zustandsuntersuchung hat aufgezeigt, dass noch keine Schäden an der Tragstruktur zu erwarten sind. Hingegen hat die Untersuchung ergeben, dass erste Undichtigkeiten bei Fugen, Fahrbahnübergängen und bei den Einlaufschächten der Kanalisation zu verzeichnen sind. Es mussten auch viele Belagsrisse mit beginnenden Belagsausbrüchen festgestellt werden. Es braucht somit einen erneuerten Schutz vor Salzwasser, um die Tragsicherheit weiterhin gewährleisten zu können.

Die Markthallenbrücke und die Anschlussbrücke Nauenstrasse weisen mit über 2'000 Quadratmetern eine grosse Brückenfläche auf, was sich auf die Kosten niederschlägt. Die Velomassnahme sowie die notwendige spurweise Instandsetzung wegen des täglich sehr hohen Verkehrsaufkommens schlagen kostenmässig ebenfalls zu Buche. Die Gesamtbaukosten beziffern sich auf insgesamt rund 3,0 Mio. Franken.