Dass die dringend nötigen Ausbaumassnahmen im Knoten Basel SBB wie auf den Zulaufstrecken der Regio-S-Bahn in Bahn 2030 berücksichtigt werden, begrüsst der Kanton Basel-Stadt. Es zeigt sich deutlich, dass von den beiden Finanzierungsvarianten nur diejenige in Höhe von 21 Milliarden CHF zum Ziel führen kann, weil nur diese auch den Agglomerations- und Regionalverkehr berücksichtigt.

Dagegen bemängelt der Kanton Basel-Stadt, dass das Bundesamt für Verkehr und die SBB ihre Planungen auf die Beseitigung von Kapazitätsengpässen und auf Fahrzeitverkürzungen im Fernverkehr auf der West-Ost-Achse durchs Mittelland fokussieren. Der internationale Personenfernverkehr über Basel (speziell der Hochgeschwindigkeitsverkehr) und zu den Schweizer Zentren wird dagegen ausgeklammert. Die für Basel ebenso wichtige Nord-Süd-Achse soll einzig für den Güterverkehr via Gotthardbasistunnel ausgebaut werden. Unter diesem Gesichtspunkt hat der dringend benötigte neue Juradurchstich auch in Bahn 2030 kaum Chancen auf Realisierung. Dabei hat der Bundesrat noch in seiner Botschaft zur Zukünftigen Entwicklung der Bahninfrastruktur (ZEB) dem Wisenbergtunnel in einer weiteren Etappe besondere Bedeutung beigemessen. Auch hat der Ständerat der Standesinitiative beider Basel, mit welcher die Streichung der Neubaustrecke Liestal - Olten aus dem Bahn 2000-Gesetz hätte verhindern werden sollen, aus dem Grund nicht zugestimmt, weil das Grossvorhaben ohnehin im Rahmen von Bahn 2030 vertieft geprüft würde (gemäss Art. 10 ZEB-Gesetz).

Der Kanton Basel-Stadt ist nicht bereit, die vorgelegten Planungen so zu akzeptieren. Zum einen wird in Bahn 2030 der Bedeutung Basels als zweitwichtigster Wirtschaftsstandort der Schweiz nicht Rechnung getragen, ebenso der wichtigen Funktion als Drehscheibe im europäischen und schweizerischen Verkehr. Dabei hebt die Studie, die metrobasel im Juni 2009 veröffentlicht hat, gerade diesen zentralen Aspekt hervor und setzt dafür eine leistungsfähige Infrastruktur voraus wie unter anderem einen neuen Juradurchstich und eine trinationale Regio-S-Bahn.