In der Eidgenössischen Volkszählung 2000 bezeichneten sich 25,0 % der Bevölkerung von Basel-Stadt als evangelisch-reformiert und 24,9 % als römisch-katholisch; 1980 waren die Anteile der beiden grossen Landeskirchen mit 43,6 % respektive 35,5 % noch deutlich höher. Markant gewachsen ist demgegenüber in den letzten zwanzig Jahren die Zahl der Konfessionslosen (von 13,9 % auf 31,0 %) und der Musliminnen und Muslimen (von 1,1 % auf 6,7 %). 1990 war der Anteil der Konfessionslosen mit 34,5 % jedoch höher als im Jahr 2000; damals bezeichneten sich mehr ausländische Personen als keiner Religion zugehörig.

Fast unverändert blieb der Bestand bei den israelitischen Glaubensgemeinschaften (0,8 %) sowie bei den evangelischen Freikirchen und übrigen protestantischen Gemeinschaften (2,1 %). In erster Linie durch Zuwanderung konnten sich die übrigen christlichen Kirchen und Gemeinschaften, insbesondere die Christlich-Orthodoxen, sowie die anderen Kirchen und Religionsgemeinschaften erneuern. Ihre Bevölkerungsanteile sind aber mit 3,2 % respektive 1,2 % nach wie vor tief.

Die rückläufige Bedeutung der Landeskirchen ist zum einen durch eine zunehmende Zahl an Konfessionslosen zu erklären. Zum anderen ist sie auch Folge von Migrationen, die mit einer Pluralisierung der Religionsgemeinschaften verbunden sind. Von den Personen mit Schweizer Staatsangehörigkeit gaben im Jahr 2000 nur 2,7 % an, einer nichtchristlichen Glaubensgemeinschaft anzugehören. Bei den Ausländerinnen und Ausländern war es dagegen fast ein Viertel; davon waren 21,4 % muslimischen Glaubens. Wegen dem hohen Anteil an jungen Leuten – nur 2,7 % sind über 60-Jährige – ist das Wachstumspotenzial der muslimischen Gruppen wesentlich grösser als dasjenige anderer Religionsgemeinschaften.