Im Jahr 1971 trat das revidierte Gewässerschutzgesetz in Kraft und die Reinigung von Abwasser wurde schweizweit zur Pflicht. Es folgten der Bau von Kläranlagen und die abwassertechnische Sanierung von Industrie- und Gewerbebetrieben. Seither hat sich die Wasserqualität im Rhein deutlich verbessert.

Das Amt für Umwelt und Energie kontrolliert das Rheinwasser an 365 Tagen pro Jahr auf mehrere Hundert chemische Substanzen. Einige Messdaten werden im 15-Minuten-Takt im Open-Data-Portal des Kantons Basel-Stadt publiziert. Die Alarmanalytik des Amts für Umwelt und Energie (AUE) ist in den Warn- und Alarmplan der Internationalen Kommission zum Schutz des Rheins (IKSR) eingebunden. Werden international vereinbarte Orientierungswerte überschritten, informiert das AUE die internationalen Hauptwarnzentralen unterhalb von Basel, damit die Entnahme von Rheinwasser zur Trinkwasseraufbereitung im Unterlauf des Rheins vorübergehend unterbrochen werden kann. Bei noch gravierenden Gewässerverschmutzungen wird ein internationaler Alarm ausgelöst, von dem auch die Öffentlichkeit erfährt. Dies ist seit dem Chemieunfall in Schweizerhalle im Jahr 1986 nur acht Mal vorgekommen und Auswirkungen auf die Pflanzen und Tiere im Rhein wurden dabei keine festgestellt.

Für die mikrobiologische Überwachung des Rheins ist das Kantonale Labor zuständig. Die Kontrollen finden während der Badesaison in regelmässigen Abständen statt. Im Gegensatz zur chemischen Untersuchung des Rheinwassers durch das Umweltlabor des AUE geht es bei der mikrobiologischen Untersuchung durch das Kantonale Labor um die Überprüfung des Rheinwassers auf Krankheitserreger.

Laut Kantonalem Labor ist das Schwimmen im Rhein unbedenklich, auch wenn nicht risikofrei. Haut- und Schleimhautreizungen können vorkommen, genauso Magen-Darmbeschwerden beim Schlucken grösserer Mengen Wasser. Die grösste Gefahr bleibt jedoch das Ertrinken. Das Kantonale Labor empfiehlt auf seiner Webseite mit Badetipps, worauf zu achten ist, um möglichst beschwerdefrei zu schwimmen: Schönwetterperioden (UV-Strahlen töten Bakterien an der Wasseroberfläche ab) und genügend Wasser (allfällig schmutzige Einträge werden stark verdünnt) im Rhein sprechen für geringes Risiko. Auch das Duschen nach dem Rheinschwimmen gehört zu den wertvollsten Tipps.

Eine hilfreiche App für risikobewusste Rheinschwimmerinnen und -schwimmer ist die Basler BachApp. Sie zeigt die aktuellen Wassertemperaturen und Pegelstände von Rhein, Wiese und Birs, enthält Sicherheitshinweise und gibt auch einen Überblick über Ein- und Ausstiegsmöglichkeiten, Toiletten, Grillstellen und Veranstaltungen am Rhein.