Das Kantonale Laboratorium kontrolliert im Rahmen seines Vollzugsauftrags Betriebe mit Biologielaboren oder Biotechanlagen auf die Einhaltung der Melde- und Bewilligungspflicht und der stufengerechten Sicherheitsmassnahmen. Dabei handelt es sich um Betriebe, die mit Organismen im geschlossenen System umgehen. Darunter fallen zum Beispiel medizinisch-mikrobiologische Diagnostiklabore, Forschungslaboratorien von universitären Instituten oder pharmakologischen Betrieben, Biotechproduktion und Praktika-Laboratorien für Unterrichtszwecke.

Ende 2024 waren im Kanton Basel-Stadt 102 Betriebseinheiten mit biotechnologischen Laboratorien der Sicherheitsstufen 1 bis 3 gemeldet. Mit total 503 Meldungen oder Bewilligungen sind im Kanton Basel-Stadt etwa ein Fünftel aller gemäss Einschliessungsverordnung meldepflichtigen biotechnologischen Tätigkeiten in der Schweiz angesiedelt. 

Generell kann festgehalten werden, dass die gesetzlich verankerte Eigenverantwortung von den Betrieben gut wahrgenommen wird. Bei der letztjährigen Kontrolle hat das Kantonale Laboratorium Basel-Stadt dennoch in elf von 18 kontrollierten Betriebseinheiten die mangelhafte Wahrnehmung der Sorgfaltspflicht, Mängel bei der betrieblichen Sicherheit, bei der Meldepflicht, bei den organisatorischen Sicherheitsmassnahmen, bei der Instandhaltung und die Verletzung der guten mikrobiologischen Praxis beanstandet. Festgestellte Mängel müssen die Betriebe innerhalb einer gesetzten Frist beheben. Die Betriebe haben in der Folge alle vereinbarten Massnahmen fristgerecht umgesetzt.