Seit dem Beginn der Bauarbeiten auf dem Kasernenareal im Jahr 2018 wird die Baustelle von der Archäologischen Bodenforschung eng begleitet. Auf der Sohle des ehemaligen Stadtgrabens kamen überraschend zwei quer dazu verlaufende, schmale Gräben zum Vorschein. In einem dieser Gräben lagen auf engem Raum 27 menschliche Skelette.

Nach einer ersten anthropologischen Untersuchung stammen die Skelette alle von jungen Männern. Sie lagen neben- und übereinander in Bauch- und in Rückenlage in dem Graben. Es handelt sich eindeutig um ein Massengrab, in welchem eine grosse Zahl an Toten möglichst schnell bestattet werden musste. Auch im zweiten Graben werden Skelette vermutet. Da dieser vom Umbau nicht zerstört wird, wird er nicht weiter ausgegraben. Bei den Skeletten lagen zwei Kreuzanhänger und einige wenige Knöpfe, die das Massengrab ins 19. Jahrhundert datieren.

Wahrscheinlich steht das Massengrab mit einer historisch belegten Typhusepidemie in Zusammenhang, die durch Soldaten gegen Ende der napoleonischen Kriege ausgelöst wurde. Am 21. Dezember 1813 marschierten im Krieg gegen Napoleon 80‘000 Soldaten der alliierten Truppen über die Rheinbrücke von Basel. Am 13. Januar 1814 überquerten die drei Monarchen, Zar Alexander I. von Russland, Kaiser Franz I. von Österreich und König Friedrich Wilhelm III. von Preussen hoch zu Ross die Rheinbrücke und bezogen in Basel Unterkunft. 32‘000 Soldaten der russisch-preussischen Garden und die österreichische Reservedivision des Generals Trautenberg wurden in Basel und Umgebung von Dezember 1813 bis Juni 1814 einquartiert. Die Soldaten schleppten den so genannten „Flecktyphus“ in die Stadt ein. In jener Zeit befand sich im Areal des ehemaligen Klosters Klingental ein Lazarett, in dem die erkrankten Soldaten möglicherweise behandelt wurden. Viele der Soldaten überlebten die Krankheit nicht. Tatsächlich ist aus Schriftquellen ein Notfriedhof bekannt, der 1814 auf dem Kasernenareal entstand. Der eingeschleppte „Flecktyphus“ löste eine im Oberrheingebiet wütende Typhusepidemie aus. Alleine in der Stadt Basel fielen der Epidemie im Jahr 1814 über 800 der ca. 16‘000 bis 17‘000 Einwohner zum Opfer.

Das Massengrab wurde im damals noch offen stehenden Stadtgraben, dem heutigen Klingentalgraben, angelegt. Der Stadtgraben wurde erst später beim Bau der Reithalle im Jahr 1820 aufgefüllt.

Die Ausgrabungsarbeiten im nördlichen Anbau der Kaserne wurden bereits fristgerecht abgeschlossen.