Stadtmauern dienten im Mittelalter nicht nur als Befestigung, sie umfassten auch den städtischen Rechtsbezirk. An den Toren wurde kontrolliert, wer die Stadt betreten oder verlassen wollte. Hier wurde der Wegzoll erhoben und hier wurden nötigenfalls Feinde abgewehrt. Im Bereich des unteren Steinenbergs schützten die Mauern die Stadt nicht nur vor Angriffen, sondern auch vor den Hochwassern des nahen Birsigs.

Durch den Bau der Inneren Stadtmauer in den Jahren von 1200 bis 1250 wurde zwischen dem heutigen Barfüsserplatz und dem Steinenberg ein neues Areal erschlossen. Dieses diente dem Bettelorden der Franziskaner – die auch Barfüsser genannt wurden – um 1254 zum Bau der Barfüsserkirche und dazugehörigem Kloster. Der Standort des Klosters innerhalb der Stadtmauern dürfte nicht zufällig gewesen sein. Obwohl am Stadtrand gelegen, war der Ort für die Franziskaner ideal: der Bauplatz lag an der Freien Strasse, einer Hauptverkehrsachse des mittelalterlichen Basels. Den Barfüssern war die Nähe zu den Menschen wichtig, da sie u. a. durch Betteln und Spendung der Sakramente ihre Existenz sicherten. Sie kümmerten sich insbesondere um die ärmeren Bevölkerungsschichten und übernahmen häufig Seelsorgefunktionen in den Randgebieten der Stadt.

Schon zwischen 1275 und 1309 wurde die erste Klosterkirche wieder abgebrochen und die heutige Barfüsserkirche wenige Meter weiter nördlich errichtet. Bei dem Bau handelt es sich um die grösste Bettelordenskirche der Schweiz. Der Ruf und die Wertschätzung des Barfüsserklosters waren im spätmittelalterlichen Basel und seiner weiteren Umgebung hervorragend. Von offenkundigen Missständen, wie das vielerorts in anderen Klöstern der Fall war, ist praktisch nichts bekannt.

Nach der Reformation 1529 wurde das Barfüsserkloster aufgehoben. Die Klostergebäude gingen an das städtische Spital über. Dieses richtete dort spätestens im 17. Jahrhundert das sogenannte Almosen ein, in dem geistig Verwirrte und Randständige untergebracht waren. Zum Almosen gehörte auch der im Hof des Klosterkreuzgangs angelegte Friedhof.

1843 wurden die ehemaligen Klostergebäude abgerissen und an deren Stelle das städtische Kaufhaus errichtet, das als Umschlagplatz und Zollstation für alle nach Basel eingeführten Waren diente.

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