Auch nach der Einführung von teilautonom geleiteten Schulen braucht es eine übergeordnete Instanz, die beispielsweise die Zuteilung der Schülerinnen und Schüler an die einzelnen Schulstandorte oder die zentrale Personalplanung koordiniert und die Schulleitungen neben der Bewältigung ihrer alltäglichen Führungsaufgaben bei der Umsetzung gesetzlicher Neuerungen wie der Schulharmonisierung beratend unterstützt. Weil eine Direktunterstellung aller 77 Schulleitungen nicht leistbar wäre, wurden auf das Schuljahr 2012/13 vier, bzw. mit Bettingen/Riehen fünf Schulkreise mit jeweils einer eigenen Leitung eingesetzt.

Den Vorwurf, mit der Einführung von Schulkreisen seien die Leitungsstrukturen im Erziehungsdepartement unnötig ausgebaut worden, weist der Regierungsrat in seiner Antwort auf eine entsprechende Interpellation von Heidi Mück zurück. Mit dem Wechsel von der Stufenorganisation, bei der jede Schulstufe vom Kindergarten bis zur Weiterbildungsschule über eine eigene Leitungsorganisation verfügte, zu den Schulkreisleitungen ist keine zusätzliche Hierarchiestufe geschaffen worden und die Zahl der Leitungsstellen ist im Zuge dieser Reorganisation reduziert worden.

Um Doppelspurigkeiten und Rollenkonfusionen zu vermeiden, sind die Zuständigkeiten zwischen Schul- und Schulkreisleitungen in den beiden Verordnungen «Volksschulleitung» und «Schulleitungen» detailliert geregelt. Die Schulkreisleitungen sind die direkten Vorgesetzten und Ansprechpartner der Schulleitungen und zuständig für Beschwerden von Eltern oder Lehrpersonen gegen Schulleitungen. Sie sorgen dafür, dass die einzelnen Standorte nicht auseinanderdriften und alle Kinder in der obligatorischen Schulzeit eine Laufbahn aus einem Guss durchlaufen können. Als Teil der Volksschulleitung übernehmen sie Planungsaufgaben bei der Weiterentwicklung der Volksschule. Darauf basierend schliessen sie mit den ihnen unterstellten Schulleitungen Zielvereinbarungen ab und beraten und unterstützen diese bei deren Erfüllung. Im Rahmen der von ihnen geführten Leitungskonferenzen haben die Schulleitungen die Möglichkeit, aktiv an den Geschäften und Vorhaben der Volksschule zu partizipieren.

Mit der Einteilung der Volksschule in Schulkreise folgt Basel-Stadt einem Muster, das auch in anderen Schweizer Städten wie Bern oder Zürich praktiziert wird. Die Grenzen der Schulkreise sind dabei so festgelegt worden, dass jeder Kreis einen im Hinblick auf die Zusammensetzung der Bevölkerung ausgewogenen Mix von allen Schulstufen (vom Kindergarten bis zur Weiterbildungsschule) abdeckt.