Wer Nutztiere hält, muss seine Tierhaltung bei der jeweils für sie zuständigen kantonalen Koordinationsstelle melden. Dies gilt auch für als Heimtiere gehaltene Equiden. Das Melden ist unabhängig vom Verwendungszweck der Tiere und hat insbesondere tierseuchenrechtliche Gründe. Bei einem Tierseuchenfall müssen epidemiologische Abklärungen erfolgen können. Aus diesem Grund ist der Wohnsitz der Tierhaltenden relevant und die Angabe des Standorts der Tierhaltung (sofern abweichend). 

Im Fall von Basel-Stadt ist hierfür das landwirtschaftliche Zentrum Ebenrain (BL), Abteilung Direktzahlungen, zuständig. Dieses erfasst die Tierhaltung in ihrem Agrarsystem und vergibt eine Tierhaltungsnummer. Die Angaben zur Tierhaltung werden der nationalen Tierverkehrsdatenbank (TVD) weitergeleitet und dort ebenfalls registriert. Die Tierhaltenden bekommen im Anschluss an ihre Meldung eine TVD-Nummer. Sie müssen sich einen Zugang zu der Datenbank mittels CH-Login einrichten. Meldungen zu ihrer Tierhaltung sowie zu den Tierbewegungen sind dort jeweils innerhalb von wenigen Tagen zwingend vorzunehmen.

Es gibt auch andere Anforderungen für das Halten von Tieren. Diese Vorschriften betreffen unter anderem das Tierwohl beziehungsweise Tierschutzaspekte. 

Haltende von Klauentieren müssen ihre Tierhaltung registrieren lassen. Hierbei spielt es keine Rolle, ob es sich um gewerbliche Nutztierhaltungen oder Hobbyhaltungen handelt. Klauentiere müssen so markiert sein, wie es für ihre Gattung vorgeschrieben ist. Bei den meisten Klauentieren müssen hierfür Ohrmarken verwendet werden.  Bei einem Transport müssen die Tiere zudem von einem Begleitdokument begleitet sein.

Bei Rindern, Schafen und Ziegen benötigt es für jegliches Verstellen auf Einzeltierebene in der Tierverkehrsdatenbank TVD einen Eintrag. 

Bei den Klauentieren handelt es sich um folgende Tierarten:

• Rinderartige
• kleine Wiederkäuer (Schafe/Ziegen) 
• Schweineartige
• Gehegewild
• Alt- und Neuweltkameliden

Pferdeartige müssen mit einem Mikrochip gekennzeichnet sein. Zudem benötigt jedes dieser Tiere einen Equidenpass. Dort muss auch angegeben sein, ob es sich beim betreffenden Tier um ein Heimtier oder ein Nutztier (zur Lebensmittelgewinnung) handelt. Equiden müssen zudem der Tierverkehrsdatenbank gemeldet werden.

Seit 2010 müssen alle Geflügelhaltungen registriert sein. Dies umfasst auch Kleinsthaltungen mit einigen wenigen Tiere. Gerade Hühner sind inzwischen im Siedlungsraum beliebte Haustiere geworden. Sie können je nach Quartier in einer erstaunlich hohen Dichte vorkommen. Es ist wichtig, dass das Veterinäramt die Geflügelhaltenden bei einem Seuchenfall wie beispielsweise der Vogelgrippe kontaktieren und über die aktuell geltenden Massnahmen informieren kann.

Zum Geflügel gehören Tiere der folgenden Ordnungen:

• Hühnervögel (Galliformes; Hühner, Truten, Wachteln, Fasane, etc.)
• Gänsevögel (Anseriformes; Enten, Gänse)
• Laufvögel (Struthioniformes; Strausse, Nandus, etc.)

Als Hausgeflügel gelten alle in Gefangenschaft gehaltenen Vögel der oben genannten Ordnungen.

Bei den Bienen handelt es sich um das am häufigsten gehaltene Nutztier im Kanton Basel-Stadt. Die Bienenhaltungen weisen eine hohe Dichte auf. Das macht die Bienenvölker für das Auftreten und das Verbreiten von Seuchen, anderen Krankheiten oder Schädlingen besonders anfällig. Ein gutes Meldeverhalten durch die Basler Bienenhaltenden ist von grosser Bedeutung. Jegliches Verstellen von Bienenvölkern muss dem kantonalen Bieneninspektorat gemeldet werden. Bienenstände sind gut sichtbar mit der individuellen Standnummer zu kennzeichnen. 

Imkernde müssen ihre Bienenhaltung sowohl dem kantonalen Bieneninspektorat als auch dem landwirtschaftlichen Zentrum Ebenrain melden.

In Basel-Stadt haben viele Menschen einen Hund als Haustier. Für diese Tiere gelten besondere Vorgaben für das Registrieren und Melden der Haltung. 

Papageien

Wer Papageienvögel (Psittaciformes) hält und mit diesen Tieren Handel treibt, muss eine Bestandeskontrolle führen. Die Tiere sind dauerhaft und individuell zu kennzeichnen. In der Bestandeskontrolle sind jegliche Zu- und Abgänge mittels des individuellen Kennzeichens zwingend einzutragen. Dies umfasst auch Geburten oder Todesfälle. Die Bestandeskontrolle ist während 3 Jahren aufzubewahren.

Aquakulturbetriebe mit Fischen, Krebsen oder Weichtieren

In Aquakulturbetrieben werden Wassertiere gehalten, bei welchen eine Produktionssteigerung angestrebt wird. In der Regel dient diese der Vermehrung der Tiere oder deren Hälterung zur Verwendung als Lebensmittel. Gewerblich genutzte Aquakulturbetriebe unterstehen einer Registrierungspflicht bei der kantonalen Behörde. Sie müssen eine Bestandeskontrolle führen, welche 3 Jahre aufzubewahren ist. Das Verstellen von Tieren ist nur mit Mitführen eines Begleitdokumentes möglich.

Eine jährliche Prüfung der Tiergesundheit durch eine Tierärztin oder einen Tierarzt mit dem entsprechenden Fachwissen ist Pflicht.

in Gefangenschaft gehaltene Wildtiere

Das Halten von Wildtieren erfordert keine Registrierungspflicht nach Tierseuchenrecht. Sie müssen aber nach Tierschutzrecht gemeldet und bewilligt werden.

Gefährliche Tiere (zum Beispiel Gifttiere oder gewisse Raubtiere) benötigen zusätzlich eine Bewilligung der Kantonspolizei. Die Bewilligung ist einzuholen, bevor die Tiere gehalten werden.